Le Département américain de l’Energie a mis son supercalculateur Summit à la disposition des chercheurs pour les aider à trouver un traitement contre le virus SARS-CoV-2 dont l’épidémie Covid-19 touche maintenant le monde entier.
Toutes les tentatives sont les bienvenues lorsqu’il s’agit de combattre une épidémie mondiale. Après s’être servi du jeu vidéo Foldit pour mieux comprendre les protéines, les scientifiques ont utilisé l’ordinateur le plus puissant du monde. le Département américain de l’Énergie a offert la possibilité aux scientifiques de générer des simulations d’interactions entre 8000 composés et le SARS-CoV-2 pour savoir lesquels sont susceptibles d’être efficaces.
8000 simulations réalisées en quelques heures seulement
Les chercheurs du laboratoire national américain de Oak Ridge ont récemment mis à profit le superordinateur Summit pour lancer des milliers de simulations afin de savoir quels composés médicamenteux à petites molécules avaient le plus de chances de se lier aux protéines du SARS-CoV-2 et espérer ainsi trouver un point d’entrée dans sa cellule hôte. Grâce au séquencement génétique du virus par les scientifiques chinois, ce nouveau coronavirus a été identifié comme utilisant des mécanismes de liens à l’Homme, et potentiellement au chien, similaires à ceux du virus du SRAS responsable de l’épidémie de 2003.
Ils ont donc conçu un modèle mathématique de la protéine S du coronavirus et lancé l’exécution de l’algorithme sur Summit. Il ne leur a fallu qu’un jour ou deux pour arriver au terme de ces 8000 simulations alors que cela leur aurait pris plusieurs mois sur un ordinateur traditionnel. Ils ont ainsi retenu 77 candidats qui devront maintenant être testés en laboratoire pour confirmer la simulation. Toutefois, Micholas Smith, responsable du projet, le répète : « Ces résultats ne signifient pas que nous avons découvert un remède ou un traitement pour le coronavirus de Wuhan ».
Le superordinateur Summit a été conçu par IBM pour travailler sur des questions d’énergies, de matériaux, de santé et d’intelligence artificielle. Constitué de 4608 nœuds de calcul comptant chacun 2 processeurs Power9, 6 processeurs graphiques Nvidia Tesla V10 et 512 Go de mémoire vive, il est capable d’atteindre 200 pétaflops. Cela en fait donc le superordinateur le plus puissant du monde, titre que réclame aussi Google avec son ordinateur quantique. À plein régime, il consomme 10 mégawatts d’électricité et requiert 15 000 litres d’eau par minute pour son refroidissement.
Source : Oak Ridge National Laboratory
